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上部过滤器(上滤) ：架于鱼缸上部的过滤槽(盒)，它是由沉水式水泵或离水式水泵来供水的，能过泻流口，让水回流到水族箱内，维护起来比较方便。但是对于水草缸不推荐用此种过滤器。同时也不推荐在繁殖缸、幼鱼缸中使用，这样会导致亲鱼受到惊吓、小鱼被吸入上滤。
溢流式过滤器：一般用于裸缸养大型鱼时采用(比如龙鱼、罗流鱼等)，此种过滤系统在理论上讲可以免维护，但仍然需要人工来清理鱼缸底部的废物。此种过滤系统的缺点就是不美观、体积较大!但其生化过滤系统效果!
鱼缸不大，养鱼过多或者是过滤器的功率小，不能完全过滤污物，绿藻生长也会很快。
喂食过多，鱼吃不完饲料，饲料在水中腐烂，水质过度营养化，使水中更快积累氨等物质，经过硝化细菌，会转换成硝酸盐，硝酸盐是水草和水藻的重要肥料，水中含有很多硝酸盐的话，水藻也会狂长。
一般采用溢流方式过滤的大型鱼缸，都会在水面处开一个溢流口，直接将油膜导入过滤系统中过滤分解。
采用上滤、瀑布等方式过滤的小缸，可以在水面添加一个入水口，直接吸取油膜，动手能力不强的的话，水族店里和淘宝网上有成品，叫除油膜器。但这种除油膜器不建议使用在过滤桶上，因为其可能导致过滤桶内吸入大量空气，干扰水泵正常工作，甚至烧泵。