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沉水式过滤器：在沉水式水泵下方进水口处直接装上置有滤棉或深化棉的滤盒(桶)维护简便，过滤设备价格便宜。此种过滤系统是水族商们经常推荐的，因o 其兼有过滤及增氧效果。但是其实际效果没有那么理想。用的时间长了，对于鱼缸内的杂志清除效果不佳。
气动式过滤：在此种过滤系统中比较有名的应该算是惠宏产的水妖精，原理是利用气举使水流入过滤体(生化棉、过滤棉)中，进行生物过滤过程。过滤效果还算可以，但是一般须要配合上滤等物理过滤系统使用。多用于小型的繁殖缸、孔雀、短鲷等较少量、小型的鱼缸内。
滴流与渗流： 滴流式过滤，这种过滤系统多用于溢流式过滤器或上部式滴流盒，其主要特征在于滤材大部份暴露天空气里，滤材主要以陶瓷环、生化球、过滤棉为过滤材质，进行生化过滤过程，过滤仓内有流动空气，但无物理过滤的功能。 渗流式过滤 ，滤材通常为滤棉、生化棉、底砂。主要的特征为滤材基本浸于水体之中，不与空气直接接触，起到物理过滤过程，但是在生化棉和底砂之间有较大的空隙，可为消化细菌提供良好的生存环境，也有一定的生化过滤能力。这两种过滤系统的过滤效果都很好，但也有缺点，滴流过滤需要在鱼缸上部占较大的一块空间，也不美观。
太小的缸，或没有条件添加除油膜硬件，可以放一些“黑玛莉”，这种上层鱼，总是在水面上找食物，同时吞食油膜。也可以定期用一个小杯子压入水中，杯口贴近水面，让水面的水溢流到杯中，手工清除油膜。