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一般对鱼消毒的时候，最有效的消毒剂有两种，即氯水和高锰酸钾。这两种消毒剂都能够有效释放出活性氧，从而灭掉水中的微生物和细菌。不过它们也有各自的消毒特点，大家可以按照自己的需要进行选择。像氯水是无色的，投入缸中也不会引起水体颜色的变化，而且它的氧化性很强，消毒的效率和质量都比较高。不过也正因为它无色，所以人们无从判断它是否完全溶解，而我们知道，这种物质对于鱼儿也会造成刺激，若是分解不完全就将鱼放了进去，必定会起到负面作用。而高锰酸钾的消毒能力比氯水要弱，在消毒的时候也会使鱼缸变红，但是只要反应完全，其生成物就会沉淀在缸底，而且这些残留物对于水质和鱼都不会造成什么影响。
目前我们常见的鱼缸形状大致可分为：方形、圆形、三角形、扇型、多角型。在选择鱼缸形状时根据摆放的场地形状来选择合适的鱼缸。比如办公桌上之小鱼缸则建议用圆形。除非有特殊作用，宜使用方形鱼缸。有些人喜欢用大型高脚杯养斗鱼或金鱼，有头重脚轻的现象，聚气力较弱。
鱼缸高度的选择，风水学上有一个名词，叫做“淋头水”。“淋头水”的意思是：水从上而下冲头部。在地理上，瀑布是“淋头水”；而阳宅中，如果墙壁高处渗水或鱼缸摆放位置高于头部也是“淋头水”。若长期受“淋头水”的影响，会造成容易生病、脑力衰退等影响。如果我们在客厅座椅旁放置鱼缸，而鱼缸的水位比坐在旁边人高，就会有这种现象。说明“淋头水”要成为煞气，必须是头部很接近鱼缸，即坐在旁般的人才会犯“淋头水”。一般鱼缸都会放于柜子上或桌上，因此水位大都高于1公尺，比坐在沙发上的人高，因此建议沙发位置应离开鱼缸1公尺以上，以避开“淋头水”。
对鱼缸、过滤器材、草、沙子、石头和其他器材的消毒方法为浸泡、擦洗30分钟。
鱼缸用了一段时间都会在玻璃壁上产生污垢甚至苔藓，可以用磁刮器将鱼缸玻璃上的苔藓和圬垢方便地刮干净。磁刮器是分别由两块一对组成，一块是两片刀片和另一半刷片组成、通过磁性相吸的一对，一手将带刀片的一块放入水内贴住缸壁，另一手将带刷的一片在缸外，使两片相互吸牢，然后将外面一片在有绿苔和圬垢的地方来回移动，里面一片就跟着移动，通过移动的刀子将缸壁上的苔藓和污垢清理干净，速度快省力，清理沏底，不会刮坏毛玻璃。